生理時鐘（生物鐘）是控制睡眠的主要機制，人體內有著近日節律（晝夜節律），包含睡眠和清醒的兩個主要區間，平均維持十五個小時左右的清醒和九個小時左右的睡眠，隨著不同年齡有著差別，一般成年人的近日節律約為二十四小時又十五分鐘左右，但由於人透過日照來進行校正，可以在 24 小時進行符合節律的規律作息，其流程如下：
隨著近日節律，早上人的視交叉上核（superachiasmatic）透過視網膜上的黑視蛋白視網膜神經節細胞接收到日光照射訊息時，身體會釋放皮質醇（cortisol）和腎上腺素（adrenaline）喚醒身體，並且設定松果體抑制褪黑激素的釋放，直到視交叉上核感受到夜晚接近，設定松果體釋放褪黑激素至血液中，身體的各部位接收到該訊息後，各系統包含體溫、血糖、神經等會逐漸調整為適合睡眠的狀態，夜晚期間褪黑激素逐漸減少，直到感受到日光重複循環。隨著生物鐘的影響，人體內的各種化學物質會發生變化，體溫也會有所改變，影響清醒或是睡眠的狀態。
從上一小節，我們可以了解到日光對於生物種調節校準的重要性，大腦會透過光線、體溫等不同的因子調整生物鐘，由於黑視蛋白視網膜神經節細胞並非視覺成像細胞，因此即便是盲人看不到光線也可以維持相同的作息。影響生物鐘最大的因素就是光照，皮質醇的釋放和接觸陽光有關，若想要盡快醒來並且保持日間好的精神狀態就是起床後去外面接觸陽光 2 - 10 分鐘，對於血壓控制、心理健康和睡眠時鐘的設定都很有幫助，根據光照強度推算，隔著窗戶接收日光的強度會降低 50%以上，而達到同樣效果所需要的光照時間則需要 50 到 100 倍。
在晚上應要減少光源的接觸，因為這會擾亂人的生物鐘，讓身體系統誤以為是在白天，在晚上 11 點至凌晨四點接受光源會抑制後續幾天多巴胺的釋放，進而影響一個人的動力、情緒、心理健康和專注力等。若逼不得已需要接觸光源，可以讓光盡可能的放在較低的位置、避免使用藍光多使用紅光或蠟燭光會相對較好，若需要看電腦可以使用去藍光程式或是戴去藍光眼睛觀看。除此以外，傍晚觀看落日，對於晚上入睡是有幫助的，甚至可以漸緩晚上接受光照的負面影響。
因此要控制好睡眠週期，我們應該做到在日間盡可能的接觸光照，並在晚上避免接受光照，避免影響褪黑激素的釋放，而其次可以透過運動、洗澡等方式控制身體體溫的變化，進而影響睡眠的週期。
體溫也是一個用於控制我們生物鐘的手段，在自睡眠中到醒來時體溫會是逐漸升高的，到一天的後半會開始逐漸下降並再次進入睡眠。因此讓室溫上升或是床的溫度上升，可以幫助自睡眠中清醒，而在睡前兩小時洗熱水澡，有助於洗完後身體快速降溫，可以幫助進入睡眠，反之睡前運動，會讓人保持在高溫而延後睡眠週期。
(待讀)
每天睡眠需要超過 8 小時：事實上理想的睡眠時間並非是固定不變的，並且會隨著人的不同而有所不同，並且同一個人在不同的年紀所需要的睡眠時間也有所不同
睡眠時間越多越好：研究顯示睡眠並非越多越好，過度睡眠容易導致心血管疾病、糖尿病等疾病都顯示較易發生在睡眠超過 9 小時的人身上。
假日在進行補眠就好：不穩定的睡眠週期會導致每一週的睡眠時間有所不同，間接影響到了身體的健康。
減少睡眠時間：睡眠時間並非越短越好，睡眠時間越短越容易導致睡眠不足，並會影響到身體的健康。
睡眠前不應進行運動：事實上運動有助於提升深層睡眠的品質，只要不是在睡前一小時內進行激烈運動，待心律呼吸恢復正常後，即會有助於提升睡眠品質。
睡前喝酒精飲料：睡前喝酒精飲料雖然可以幫助進入睡眠，但卻會抑制進入快速動眼期，而沒有較好的睡眠品質，且較容易造成打呼，若要飲酒需要在等待一至兩小時後等待代謝再睡覺。